当協議会の運営方針は、医療機関・教育機関・その他各分野の学識経験者によって構成される「医師臨床研修マッチング協議会運営委員会」によって決定しています。
2025/6/30現在(敬称略、五十音順)
・今村 英仁 :日本医師会 常任理事
・岩城 みのり :日本労働組合総連合会 生活福祉局 部長
・河邊 博史 :医療研修推進財団 理事長
・神野 正博 :全日本病院協会 会長
・行天 良雄 :医事評論家(運営委員会 顧問)
・相良 博典 :全国医学部長病院長会議 会長 私立大学代表者
・笹本 洋一 :日本医師会 常任理事
・園田 孝志 :日本病院会 副会長
・鶴田 大輔 :全国医学部長病院長会議 副会長 公立大学代表者
・徳田 安春 :群星沖縄臨床研修センター センター長
・伴 信太郎 :中津川市地域総合医療センター センター長(運営委員長)
・盛武 浩 :全国医学部長病院長会議 国立大学代表者
・矢﨑 義雄 :臨床研修協議会 理事長